春秋时期，国君一般都亲自率军出征作战，有不少国君负伤、阵亡或被俘的记载。比如据《左传》记载的就有公元前年秦襄公在进攻犬戎之战中阵亡，公元前年东周与郑国缟葛之战中，周桓王中箭负伤，公元前年卫懿公在与狄军作战中被杀，公元前年秦、晋韩原之战中晋惠公因战车陷入泥潭被俘，如此等等，不胜枚举。以后随着战争规模的扩大，国君亲自出战的情况到了战国时期就很少见，一般都是委派将军到前线指挥，并授予将军实现庙算所决定的战略目标的全部临战指挥权，仅在和、战等重大问题上才需要向国君请示。据《六韬》一书的说法，当时任命将军的仪式非常隆重，国君要在太庙亲自向将军授予代表国君权威的斧钺，并要说将军持斧钺自天到地都可制裁之类的套语，而将军要向君王表示“军不可从中御”。战争结束后，将军率军回朝，交出指挥权。《孙子兵法》将此归结为：“凡用兵之法，将受命于君……途有所不由，军有所不击，城有所不攻，地有所不争，君命有所不受。”《孙膑兵法》更是将军队“不胜”的五个原因之首列为国王“御将”。

将军拥有指挥全权的情况在秦汉时期还有遗风，最著名的例子是汉文帝“细柳劳军”的故事：公元前年匈奴入侵，汉军集结应战。周亚夫率军屯兵细柳，汉文帝前往慰问，不料军营的门都尉不开营门，说：“将军有命令：军营中只服从将军命令，不接天子诏令。”汉文帝只得派使者手持代表皇帝的“节”进军营找周亚夫，周亚夫传令打开营门，自己身披盔甲、手持兵器迎候，只向汉文帝行军礼，并要求车驾不得在军营中急驶。汉文帝非但没有因此怪罪周亚夫，还称赞周亚夫是“真将军”，其他四座任由车驾长驱直入的军营只是儿戏。不过从当时随行的大臣都大惊失色的情况来看，“将在外君命有所不受”已经不再是被普遍接受的观点。

随着后世太多的将军发动军事政变篡夺政权的状况出现，制度上不再允许“将在外君命有所不受”，相反强调的是在出兵后，皇帝仍然要通过种种办法加以“遥制”，战略的指挥权和战场指挥权都力图要保留在皇帝手里。朝堂不仅要庙算，还需要进一步遥控指挥。朝廷里开始出现皇帝周围的一些亲信组成的实施这种遥控指挥的小班子。西汉末期是以大将军府来实施指挥的，到东汉时期是以皇帝周围原来的秘书班子“尚书台”来实施，凡是受到皇帝信任的大臣就挂上“录尚书事”的头衔，参与军国大事的决策。经过三国两晋南北朝的变化，尚书台扩大为尚书省，尚书省下的兵部正式掌握承受皇帝命令、发布调兵指令、武官任免、军队编制等权力，而与尚书省并列的武官机构卫大将军府，则有组织训练、出任战地指挥等权力。不过因为尚书省是处在宰相领导之下，如果兵部权力过大也就是加强了宰相的权力，所以唐末五代时期又出现了枢密院机构，由皇帝的亲信组成——开始时是由皇帝所亲信的太监组成，以后才改为文官担任——专门处理军国重事，帮助皇帝实施军事指挥，成为军事统御机构。枢密院的长官为枢密使，副手为枢密副使。

北宋正式建立与行政机构平级的军事统御机构——枢密院，与管理行政的中书省对等号为“二府”。枢密院长官开始称枢密使、枢密副使，与宰相并称“宰执”，以后为了防止权臣，改由其他官员来负责枢密院事务，号为“知枢密院事”、“同知枢密院事”。枢密院的职责是辅佐皇帝实现对军事指挥的控制，制定战略方针，调度军队，选任指挥官，向前线指挥官发布实施战役的指令。尚书省的兵部仍然保存，但只负责执掌武官的人事、军队编制等具体事务，没有调兵、指挥权力。枢密使或知枢密院事一般都是由文臣来担任，间或有武官担任的情况发生，但不是经常性的。比如狄青出任枢密使，遭到文臣的一致反对，即使是同情他的文官也建议朝廷为了狄青能够“全节”还是撤了他为好，最后以狄青罢官了结。武官的最高机构“三衙”（殿前都指挥使司、侍卫亲军马军都指挥使司、侍卫亲军步军都指挥使司）仅负责军队日常训练，以及京师地区的日常警卫。

宋朝这套制度防止了权臣专政和军阀擅权，保证了皇帝独揽军事大权，但是却大大降低了军事机器运转效率。尤其是当时受人力、马力接力传递文件的通讯条件的限制，指挥命令只能以日行—里的速度从朝廷传递到前线，一个来回就要十天半月，根本就无法对瞬息万变的战场形势作出反应，而宋代的皇帝们却都热衷于从皇宫深处“遥制”远方军队。宋太宗以后不少皇帝都喜欢在军队出征前给将帅授“锦囊妙计”，强调作战方略，特别是喜欢制作“阵图”，要将帅们按图部署军队投入战斗。如宋太宗发给前线将帅的阵图号为“御制平戎万全阵图”，宋朝廷内府还藏有不少类似的阵图。以后的宋真宗、神宗等都是喜欢临战发图进行指挥的皇帝。在作战过程中皇帝也力图控制战场指挥，完全无视通信条件的限制，经常滥发“金字牌”的“御前急件”。比如据史料记载，南宋初年军情紧急，仅—年的五个月内，朝廷就发出“金字牌”文件封，平均每天封半。当时战场分布在四川到山东的广大地区，文件来回一次要四十多天。真不知当时的前线将领见到这些过时指令作何感想。

少数民族皇朝统治时期也基本沿用宋朝的这套朝廷军事统御体制。辽、西夏、金、元也都建立枢密院，帮助皇帝进行军事指挥，但和宋朝不一样的是，这几个少数民族皇朝常常在大战区设置“行枢密院”作为中央派出机构进行指挥。朝廷对于战区指挥官一般都授予指挥全权，并不进行经常性干预。另外，这几个朝代的枢密使几乎是没有汉族官员来担任的。

明朝建立之初基本沿袭宋元制度，朝廷号称三大府：管行政的中书省，管军事的大都督府，管监察的御史台。年废除中书省，朝廷六部直属皇帝；大都督府一拆为五，改为五军都督府；御史台改为都察院。开始时军事统御体系回到唐朝体制：兵部掌调兵权、武官人事等；五军都督府管日常编制与训练，前、后、左、右、中都督府各领若干个地方都指挥使司的事务，分别与兵部平移公文。但是这种体制大大加强了皇帝的日常工作量：六个部、五个府都直接向皇帝汇报，听取指示，更不要说朝廷还有大量的机构都要皇帝下指示。因此明成祖起就找一些文臣，给他们加上某某殿阁大学士头衔，以便于他们出入宫廷，在皇宫内替皇帝阅读文件，草拟“圣旨”。这些人因在宫殿“大内”办公，因此称之为“内阁学士”。以后内阁学士往往又兼任某部尚书，组成的工作班子就简称内阁。大学士、尤其是资格最老的大学士号为“首辅”，逐渐成为事实上的宰相。凡军国大事内阁都要替皇帝处理，军事决策、调兵权力实际上也由内阁掌控，在草拟指令后经皇帝批准下达兵部。从大学士名称来看自然应该是由文官担任的职务，明朝从没有一个武官入阁。和宋朝一样，文官实际上往往不懂军事，对于遥远的作战地区情况也很少有切身的体会，所以为皇帝草拟的一般总是被皇帝批准的军事指令大多是外行意见。

清朝入关以前以及入关后初期，最高决策机构是王大臣议政会议，由满族八旗旗主聚会讨论决定重大军政措施。内阁虽然保留，但只能就一般的行政问题草拟指令。以后君主集权进一步加强，王大臣会议逐渐不再是决策机构。康熙皇帝在年设置南书房，由翰林院中得到皇帝信任的一些翰林组成，帮助起草军政指令。雍正皇帝又在年设置军机房，指定一些受到信任的大臣到房，为他起草对当时正在进行中的西北方面战事下达的指令。以后常设，名称也改为办理军机处。这个军机处从此成为清朝的军事决策机构。进入军机处的大臣是受皇帝信任的一些部门的长官，号为军机大臣，并没有正式的品级规定，也没有人数限制，多的时候有七八名，少的时候只有三四名。他们的助手号为军机章京，同样也由各部中级官员兼任，人数也不固定。军机处办事突出机密性，军机大臣必须亲自阅读起草、抄写文件，不准找秘书誊抄。甚至有明确规定为军机处扫地端水的侍从都不许识字，年满岁就不得在军机处服务。军机处下达的军事指令称为“廷寄”，直接交由驿站以规定的速度（日行里到加急的日行里）传递。兵部仍然保留，但只负责绿营兵军官的选拔、委任，以及绿营兵的装备、编制等日常事务。八旗兵事务由各旗直接向皇帝汇报，领受指令。

和宋、明等朝代发生的情况相仿，清中叶确立起来的这套军事统御体系的效率也是极其低下的。全国军队都要等待朝廷命令才可以调动，指挥官也要等待朝廷命令才可以动身，将领的战场指挥权也受到朝廷的掣肘，作战计划、作战经过都必须随时报告。往往前线已经打了败仗而作战计划却刚刚被皇帝批准。这种情况在很长一段时间内因为清朝所面对的军事敌手相对弱小、军事威胁相对统治中心距离较远，并没有对其军事作战能力发生致命的损害，但当利用海洋迅速调动兵力的英国侵略者打上门来时，这套体制就完全不能应付，而到席卷半个中国的太平天国农民大起义爆发后，更是难以再维持下去。